Kapucíny v 17. století postavený a využívaný kolínský klášter byl v roce 1950 komunistickým režimem uzavřen a později sloužil jako internát zdravotnické školy. V roce 1991 byl v restituci klášter a přilehlé pozemky řádu kapucínů vrácen, ti pro něj ale neměli využití, a tak ho pronajali jezuitům. Ti zde zřídili nejprve svůj noviciát a po deseti letech se místo stalo Centrem spirituality a duchovních cvičení, provozovaného řádem jezuitů společně s Akademickou farností Praha a řeholními sestrami z pražského Karmelu Edith Stein.

Ročně se v klášteře konaly desítky vícedenních (plně obsazených) kurzů určených nejen křesťanům a duchovní obnovou zde prošly stovky lidí. V roce 2018 však kapucíni oznámili záměr klášter prodat, zejména kvůli zvyšujícím se výdajům na provoz a opravy. Provizorní řešení situace přišlo se založením spolku ´Kolínský klášter - centrum duchovních cvičení a křesťanské spirituality´, sdružujícího sympatizanty kolínského kláštera, kteří zde prožili duchovní obnovu. Spolek si klášter od kapucínů pronajal a potřebné peníze na nájem a provoz sháněl prostřednictvím crowfundingových sbírek.

Potřeba značných finančních částek na rekonstrukci v dalších letech ale kapucíny vedla k nové snaze o prodej kláštera. Situaci letos ke spokojenosti všech zainteresovaných vyřešil prezident České křesťanské akademie Tomáš Halík, který klášter od kapucínů koupil z prostředků svého nadačního fondu za 15 milionů korun a  následně ho svěřil k bezplatnému užívání dosavadnímu provozovateli, tedy spolku ´Kolínský klášter - centrum duchovních cvičení a křesťanské spirituality´.

Důležité je dodat, že Tomáš Halík se stal majitelem klášterní čtyřkřídlé budovy a přilehlé velké zahrady mezi ulicemi Kutnohorskou a Zahradní. Sousední dominantní kostel Nejsvětější Trojice vždy patřil - a i nyní patří - Římskokatolické farnosti Kolín.